Chuột xạ hương sinh sống trên hầu khắp Canada, Hoa Kỳ và một phần nhỏ miền bắc Mexico. Chuột xạ được du nhập đến châu Âu vào đầu thế kỷ 20 và đã trở thành một loài xâm lấn ở tây bắc châu Âu. Chuột xạ chủ yếu sinh sống trên đất ngập nước, khu vực đất ngập nước gần nước mặn hoặc nước ngọt, sông, hồ hoặc ao. Chuột xạ hương không sinh sống ở bang Florida, nơi mà chuột xạ đuôi tròn hay chuột nước Florida (Neofiber alleni) đã lắp đầy môi trường sinh thái.[4]

Chu kỳ quần thể tự nhiên; trong khu vực mà chuột xạ trở nên đông đúc, chúng có khả năng loại bỏ nhiều thảm thực vật ở vùng đất ngập nước.[15] Chuột xạ hương được cho đóng vai trò quan trọng định đoạt thảm thực vật của vùng đất ngập nước đồng cỏ nói riêng.[16] Chuột xạ cũng chọn lọc loại bỏ các loài thực vật ưa thích, do đó làm biến đổi độ phong phú của các loài thực vật trên nhiều loại đất ngập nước.[2] Chuột xạ hương thường ăn cỏ đuôi mèo và hoa súng vàng. Cá sấu mõm ngắn được cho là loài săn mồi tự nhiên trọng yếu và khi chuột xạ vắng mặt ở Florida có thể một phần do kết quả bị cá sấu ăn thịt.[17]

Trong khi hoạt động con người khiến nhiều sinh cảnh đất ngập nước bị loại trừ, quá trình xây dựng kênh đào hoặc kênh mương thủy lợi đã tạo ra sinh cảnh sống mới cho chuột xạ, chuột xạ hương vẫn còn phổ biến và trải rộng. Chúng có thể sống cạnh dòng suối có chứa nước lưu huỳnh độc hại do cống thoát nước ở mỏ than đá thải ra. Cá và ếch chết trong nước suối, nhưng chuột xạ hương có thể phát triển mạnh và chiếm cứ đất ngập nước. Chuột xạ hương cũng được hưởng lợi do con người bức hại một số động vật ăn thịt chuột xạ.[5]

Chuột xạ hương được phân loại như một "sinh vật mới bị cấm" dưới luật sinh vật mới và chất độc hại năm 1996 của New Zealand, ngăn cấm nhập khẩu chuột xạ vào quốc gia này.[18]

Sán lá Metorchis conjunctus cũng có thể lây nhiễm sang chuột xạ.[19]